У своїй діяльності лабораторія керується Конституцією України, законами України, актами Верховної Ради України, Президента України, Кабінету Міністрів України, Положенням про Миколаївську обласну фітосанітарну лабораторію та відділу фітосанітарного аналізу, наказами Державної ветеринарної та фітосанітарної служби.